Vào tháng 2 năm 2013, nhóm chống săn cá của Hiệp hội Bảo tồn Chim Biển tuyên bố "Shirase" đã được gửi đến để theo dõi sự can thiệp của tàu vào đội nghiên cứu cá voi Nhật Bản.[5]Tuy nhiên, theo Viện Nghiên cứu Cực Quốc gia (Nhật Bản), chiếc tàu phá băng thực ra đã được thực hiện ở phía tây theo bờ biển Nam Cực gần Trạm Showa (Nam Cực), vào thời điểm đó.[6] Chính phủ Nhật Bản sau đó đã xác nhận rằng tàu không tham gia vào bất kỳ hoạt động nào liên quan đến chương trình săn cá voi,[7] và tuyên bố của Hiệp hội Bảo tồn Chim Biển là "giả mạo hoàn toàn".[8]

Vào ngày 17 tháng 2 năm 2014, Shirase bị mắc cạn ngay bên trạm Molodyozhnaya bỏ hoang của Nga ở Nam Cực. Trong khi thân tàu bên ngoài bị xuyên thủng, tàu không có nguy cơ bị đánh chìm và không có báo cáo rò rỉ dầu nhiên liệu.[9]

Vào ngày 17 tháng 8 năm 2017, một chiếc trực thăng CH-101 Lực lượng Phòng vệ Biển Nhật Bản bố trí trên tàu Shirase bị rơi tại căn cứ Không quân Thủy quân lục chiến Iwakuni ở Yamaguchi. Bốn người trong phi hành đoàn đã bị thương.[10][11][12]